Приказом Главкома ВМФ будущему морскому тральщику присвоено имя Героя Советского Союза Семёна Агафонова - участника Великой Отечественной и Советско-японской войн. Корабль противоминной обороны «Семён Агафонов» стал двенадцатым в линейке проекта 12700, заложенным на Средне-Невском судостроительном заводе.
Проект корабля разработан Центральным морским конструкторским бюро «Алмаз» (входит в Объединённую судостроительную корпорацию) для Военно-морского флота России.
Корабли «Александрит» относятся к новому поколению минно-тральных сил и предназначены для борьбы с морскими минами. Тральщики обладают высокой маневренностью, а применение технологии создания корпусов кораблей из монолитного стеклопластика значительно снижает их магнитное поле. Корабли этого проекта во многом превосходят по своим возможностям аналоги из других стран.